Pruebas genéticas indican que el hipopótamo común en África experimento una importante expansión demográfica durante o después del Pleistoceno, atribuida a un aumento de zonas acuáticas a finales de esa era. Estas conclusiones tienen una importante implicación en la conservación de sus poblaciones dado que actualmente se encuentran amenazados por todo el continente debido a la pérdida de zonas de agua dulce. El hipopótamo común también es víctima de la caza no regulada y la caza furtiva. En mayo de 2006 fue identificado como especie vulnerable en la Lista Roja confeccionada por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), con una población estimada de entre 125 000 y 150 000 individuos, con una decadencia de entre el siete y el veinte por ciento desde el estudio de 1996 de la UICN.
Su población disminuyó de forma dramática en la República Democrática del Congo. La población del Parque Nacional Virunga cayó hasta los 800 o 900 ejemplares desde los aproximadamente 29 000 existentes a mediados de los años 1970. Este declive se atribuye a las alteraciones causadas por la Segunda guerra del Congo. Se cree que los cazadores furtivos son los antiguos rebeldes hutu, soldados congoleños mal pagados, y grupos de milicias locales. Entre las razones de la existencia de la caza furtiva se encuentra la creencia que son animales poco inteligentes, dañinos para la sociedad y también por el dinero. La venta de carne hipopótamos es ilegal, pero las ventas del mercado negro son difíciles de controlar por parte de los vigilantes del Parque Nacional Virunga.
