Aunque no es un animal estrictamente nocturno, son activos durante la noche. Pasan la mayor parte del día durmiendo o revolcándose en el agua o el barro junto a los demás miembros de su grupo. El agua les sirve para mantener la temperatura de su cuerpo baja y para impedir que su piel se reseque. Excepto para comer, la mayor parte de sus vidas (cortejo, luchas entre ellos, parto) ocurren en el agua.
Dejan el agua al anochecer y se desplazan tierra adentro, a veces hasta ocho kilómetros, para pastar en zonas de hierba corta, su fuente principal de alimento, que extraen entera ayudándose de los labios. Pasan de cuatro a cinco horas pastando y pueden consumir cerca de setenta kilogramos de hierba cada noche (aproximadamente un 5% de su peso). Como la mayoría de los herbívoros, consumirán otro tipo de plantas si se da la ocasión, pero su dieta en estado silvestre consiste casi completamente en hierba, con un consumo mínimo de plantas acuáticas.18Se les ha visto en algunas ocasiones comiendo carroña pero muy raramente y siempre cerca del agua, e incluso hay informes de casos de canibalismo y depredación. La anatomía del estómago de los hipopótamos no es adecuada para una dieta carnívora, por lo que la ingesta de carne se debe probablemente a comportamientos aberrantes o estrés nutricional.
Aunque su dieta es sobre todo a base de hierbas terrestres, dado que pasan la mayor parte del tiempo en el agua la mayor parte de sus defecaciones se producen en el agua, creando depósitosalóctonos de materia orgánica en los lechos de los ríos. Estos depósitos no tienen una función ecológica clara. A causa de su tamaño y su hábito utilizar generalmente los mismos caminos para alimentarse, los hipopótamos puede tener un impacto significativo en la tierra que atraviesan, tanto porque esas zonas quedan libres de vegetación como por las depresiones en la tierra. Si esto se produce durante periodos prolongados pueden desviar los cauces de pantanos y canales.
Los hipopótamos adultos no flotan y no pueden nadar. Cuando se encuentran en aguas profundas, se propulsan generalmente dando pequeños saltos por el fondo; se mueven a velocidades superiores a ocho kilómetros por hora en el agua. Sin embargo, los jóvenes si flotan y se desplazan generalmente nadando con impulsos de sus patas traseras. Los adultos emergen a respirar cada tres o cinco minutos, y los jóvenes tienen que respirar cada dos o tres minutos. El proceso de la salida a la superficie y de respiración es automático, e incluso un hipopótamo que duerma bajo el agua subirá y respirará sin despertarse. Cuando se sumergen cierran las narinas.
Estudiar la interacción entre machos y hembras ha sido durante muchos tiempo complicado al no existir un dimorfismo sexual en esta especie por lo que no es muy difícil distinguirlos en estado silvestre. Aunque les guste estar en proximidad unos de otros, no parece que formen uniones sociales excepto entre madres e hijos, y no son animales sociales. La razón por la que se reúnen tan próximos unos a otros es desconocida.
Sólo son territoriales en el agua, donde un macho controla una pequeña extensión del río de unos 250 m de longitud de media para establecer derechos de apareamiento y que contiene unas diez hembras. Los grupos más numerosos pueden contener hasta cien individuos. Permiten la presencia de otros machos en su zona, pero siempre que se someta a la autoridad del macho dominante. Dentro de los grupos se tiende a segregar por género. Los machos jóvenes permanecen con otros machos solteros, las hembras permanecen junto a otras hembras y el macho dominante permanece solo. Cuando dejan el agua para ir a comer, lo hacen individualmente.
Los hipopótamos parece que se comunican verbalmente, por gruñidos y bramidos, y se cree que pueden tener cierta capacidad deecolocación, pero el objeto de estas vocalizaciones se desconoce. Pueden mantener la cabeza parcialmente por encima del agua y emitir un grito que viaja tanto por el agua como por el aire, y responden a él tanto los hipopótamos que están dentro como fuera del agua.
