El hipopótamo común se extendía por Europa y África del Norte durante el Eemiense y el Pleistoceno tardío hasta hace aproximadamente 30 000 años. Era común en la región del Nilo en Egipto hasta tiempos históricos, pero ha sido extirpada desde entonces de esa región.Plinio el Viejo escribió que, en su tiempo, la mejor zona para cazar a este animal estaba en el nomo de Sais; este animal todavía podría encontrarse en torno a Damieta después de la conquista árabe en 639. Hasta el periodo Glacial, los hipopótamos estaban presentes en el sudeste asiático y en el sur de Europa. El "Behemot" de la biblia no es otra cosa que el hipopótamo que habitaba entonces el valle del Jordán.
El hipopótamo común se distribuye irregularmente en la actualidad en los ríos y lagos del África subsahariana: Uganda, Sudán, Somalia,Kenia, norte de Congo y Etiopía, en el oeste desde Ghana a Gambia y en el África austral (Botsuana, Sudáfrica, Zimbabue, Zambia). Existe una población aislada en Tanzania y Mozambique. Le gusta vivir en zonas de aguas permanentes y no demasiado profundas.
El hipopótamo común es el tercer animal terrestre más grande del mundo en la actualidad (después de los elefantes y el rinoceronte blanco). Pueden vivir en el agua o desplazarse por tierra, y su densidad relativa les permite hundirse y andar o correr bajo el agua por el fondo de los ríos. Están considerados como megafauna actual, pero a diferencia del resto de la megafauna africana, se han adaptado a una vida semiacuática en ríos y lagos de agua dulce.
Debido a su gran tamaño, los hipopótamos son difíciles de pesar en la naturaleza y la mayor parte de las estimaciones de su peso en estado silvestre provienen de operaciones realizadas en los años 1960. El peso medio para los machos adultos oscila entre 1500 y 1800 kg. Las hembras son más pequeñas que los machos, con unos pesos medios de entre 1300 y 1500 kg. Los machos más viejos llegan a pesos mucho mayores, alcanzando al menos 3200 kg y en ocasiones hasta 4500 kg. Los machos parece que crecen durante toda su vida, mientras que las hembras alcanzan su peso máximo en torno a los veinticinco años de edad. Miden entre 3,3 y 5,2 metros de largo incluida la cola, de unos 56 cm, y aproximadamente 1,5 m de altura hasta los hombros. El rango de medidas del hipopótamo común se superpone con las del rinoceronte blanco; la utilización de métricas diferentes hace que resulte difícil establecer cual de estos dos animales es el mayor animal terrestre tras los elefantes.
A pesar de ser unos animales de aspecto rechoncho, con su gran torso en forma de barril, en tierra pueden correr más rápido que un ser humano. Las estimaciones de su velocidad en carrera varían de 30, 40, o hasta 50 km/h; sólo puede mantener estas altas velocidades en distancias cortas.
Su boca es enorme y sus mandíbulas pueden abrirse en un ángulo de 150 grados; el cuello es corto y robusto y el cuerpo alargado y enormemente grueso, con el dorso más elevado en la grupa que en la cruz y hundido en la parte central; el vientre, amplio y redondeado, es colgante y llega a rozar el suelo cuando el animal camina por un terreno pantanoso. Los ojos, las orejas y las fosas nasales están situados en la parte superior de la cabeza, lo que les permite permanecer en el agua con la mayor parte del cuerpo sumergido en el agua y el fango de los ríos tropicales para mantenerse fresco y evitar las quemaduras solares. Tiene unas patas cortas con cuatro dedos bien desarrollados en cada una con terminaciones en pezuña y su estructura esquelética es graviportal, adaptada para sostener el gran peso de estos animales. Como otros mamíferos acuáticos, el hipopótamo tiene muy poco pelo. Aunque no es un rumiante posee un estómago complejo compuesto por tres divisiones o cámaras.
La piel es lisa con pliegues en el pecho y en el cuello y casi sin pelo con excepción de unas cortas cerdas en la cabeza y la cola. Es de color gris morado, con la parte inferior del cuerpo y en torno a los ojos y orejas de color marrón rosáceo; son comunes los casos de albinismo. La epidermis (capa externa) es uniformemente delgada, y la endodermis varía de unos 5-6 cm en espalda y grupa a menos de 1 cm en cabeza y vientre. Su piel secreta un protector solar natural de color rojizo, que hace que en ocasiones se diga que «suda sangre», pero ni es sudor ni es sangre; esta secreción es inicialmente incolora, para a los pocos minutos volverse rojo anaranjada y eventualmente de color marrón. Se han identificado dos pigmentos distintos en las secreciones, uno rojo (ácido hiposudárico) y uno naranja (ácido norhiposudórico). Ambos son compuestos muy ácidos, e inhiben el crecimiento de bacterias causantes de enfermedades; por otra parte, la absorción de la luz de estos pigmentos alcanza el rango ultravioleta consiguiendo un efecto de pantalla solar. Todos los hipopótamos, incluso con diferentes dietas, secretan estos pigmentos, por lo que no parece que los produzcan en función de su alimentación. En cambio, los animales pueden sintetizar los pigmentos de precursores proteicos, como el aminoácido tirosina .
Cuentan con 2-3 pares de incisivos y los caninos de la mandíbula inferior tienen la apariencia de dos enormes colmillos, que pueden superar en el caso de los machos los 50 cm de longitud (la mitad en el caso de las hembras) y alcanzar un peso de 4 kg; son triangulares, curvados en forma de media luna, romos en su extremo y provistos de surcos longitudinales. Los colmillos de la mandíbula superior son mucho más cortos y débiles, y también curvados y romos en su extremo. Se ha medido la fuerza de la mordedura de un hipopótamo hembra adulto en 8100.
