El hipopótamo común se extendía por Europa y África del Norte durante el Eemiense y el Pleistoceno tardío hasta hace aproximadamente 30 000 años. Era común en la región del Nilo en Egipto hasta tiempos históricos, pero ha sido extirpada desde entonces de esa región.Plinio el Viejo escribió que, en su tiempo, la mejor zona para cazar a este animal estaba en el nomo de Sais, este animal todavía podría encontrarse en torno a Damieta después de la conquista árabe en 639. Hasta el periodo Glacial, los hipopótamos estaban presentes en el sudeste asiático y en el sur de Europa. El "Behemot" de la biblia no es otra cosa que el hipopótamo que habitaba entonces el valle delJordán.
El hipopótamo común se distribuye irregularmente en la actualidad en los ríos y lagos del África subsahariana: Uganda, Sudán, Somalia,Kenia, norte de Congo y Etiopía, en el oeste desde Ghana a Gambia y en el África austral (Botsuana, Sudáfrica, Zimbabue, Zambia). Existe una población aislada en Tanzania y Mozambique. Le gusta vivir en zonas de aguas permanentes y no demasiado profundas.
